冷却后的麦汁添加酵母以后，便是发酵的开始，整个发酵过程可以分为：酵母恢复阶段，有氧呼吸阶段，无氧呼吸阶段。
酵母接种后，开始在麦汁充氧的条件下，恢复其生理活性，以麦汁中的氨基酸为主要的氮源，可发酵糖为主要的碳源，进行呼吸作用，并从中获取能量而发生繁殖，同时产生一系列的代谢副产物，此后便在无氧的条件下进行酒精发酵。
酵母恢复阶段： 酵母细胞膜的主要组成物质是甾醇，当酵母在上一`轮繁殖完毕后，甾醇含量降的很低，因此当酵母再次接种的时候，首先要合成甾醇，产生新的细胞膜，恢复渗透性和进行繁殖甾醇的生物合成主要在不饱和脂肪酸和氧的参与下进行，合成代谢的主要能量来源由暂储藏细胞内的肝糖和海藻糖提供。在次阶段，酵母细胞基本不繁殖，所谓的酵母停滞期。一旦细胞膜形成，恢复渗透性，营养物质进入，酵母立即吸收糖类提供的能量，肝糖再行积累，供下一次接种使用。
有氧呼吸阶段： 此阶段主要是指酵母细胞以可发酵糖为主要能量来源，在氧的作用下进行繁殖。
无氧呼吸阶段： 在此发酵过程中，绝大部分可发酵糖被分解成乙醇和二氧化碳。这些糖类被酵母吸收，进行酵解的顺序是葡萄糖，果糖，蔗糖，麦芽糖，麦芽三糖。
下面发酵
主发酵：
发酵阶段
外观状态和要求
1、酵母繁殖期：麦汁添加酵母8-16个小时以后，液面上出现二氧化碳小气泡，逐渐形成白色的，乳脂状的泡沫，酵母繁殖20小时以后立即进入主发酵槽。
2、起泡期：还槽4-5小时后，在麦汁表面逐渐出现更多的泡沫，由四周渐渐向中间，洁白细腻，厚而紧密，如花菜状，有二氧化碳小气泡上涌，并且带出一些析出物。
3、高泡期：发酵后2-3天，泡沫增高，形成隆起，并因酒内酒花树脂和蛋白质-单宁复合物开始析出而逐渐变为棕黄色，此时为发酵旺盛期，需要人工降温，但是不能太剧烈，以免酵母过早沉淀，影响发酵作用。
4、落泡期：发酵5天以后，发酵力逐渐减弱，二氧化碳气泡减少，泡沫回缩，酒内析出物增加，泡沫变为棕褐色。
5、泡盖形成期：发酵7-8天后，泡沫回缩，形成泡盖，撇去所析出的多酚复合物，酒花树脂，酵母细胞和其他杂质，此时应大幅度降温，使酵母沉淀。
后发酵以及储藏：
麦汁经主发酵后的发酵液叫嫩啤酒，此时酒的二氧化碳含量不足，双乙酰，乙醛，硫化氢等挥发性物质没有减低到合理的程度，酒液的口敢不成熟，不适合饮用。大量的悬浮酵母和凝结析出的物质尚未沉淀下来，酒液不够澄清，一般还要几个星期的后发酵和贮酒期，啤酒的成熟和澄清均在后发酵和贮酒期。
上面发酵
上面发酵的主要方法：传统的撇去法，落下法，巴顿联合法，约克夏法。
上面发酵采用上面发酵酵母，在15-20摄氏度下进行发酵，细胞形成量较多，酵母回收比较复杂，代数远远超过下面发酵酵母，长久没有衰退现象。 上面发酵的啤酒成熟快，设备周转快，啤酒有独特的风味，但保质期短。一般不采用后发酵期，而是加胶处理，澄清一阶段后，采用人工充二氧化碳，使达到饱和。
上面发酵和下面发酵的技术参数比较：
| 名称 | 上面主发酵技术要求 | 下面发酵技术要求 |
| 接种温度： | 14-16 | 5-7 |
| 酵母添加量 | 0.15-0.30% | 0.4-0.6% |
| 酵母增殖时间 | 8-16小时 | 20小时左右 |
| 主发酵最高温度 | 18-20 | 7.5-9 |
| 主发酵时间 | 4-6天 | 7-8天 |
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